Als een deelnemende partij van het Coördinatiestelsel niet akkoord gaat met de door een andere partij verzonden factuur dan dient er overleg plaats te vinden. Deelnemende partijen streven er naar om in onderling overleg tot een oplossing te komen en geschillen niet bij de rechter te laten komen, tenzij de betrokken partijen er het over eens zijn dat dit de enige oplossing is.
Voor het aanvragen en verkrijgen van een vergunning zijn leges verschuldigd. De hoogte van de leges wordt jaarlijks vastgesteld in de legesverordening van de stadsdelen en de centrale stad.